L'exposition est calculé par le boitier grâce à une cellule composée de 420 photosite sur le D90 (cf doc technique). Cette cellule, mesure pas mal de chose, la lumière, les couleurs (filtre RVB), la distance du sujet, balance des blancs (auto), etc...
Le boitier va déterminer l'exposition en faisant une comparaison entre ce que mesure la cellule et une base de donnée de quelques milliers de photo (aucune idée du nombre, sur le d80, je crois que c'était au alentour de 30 000). En gros il va "reconnaitre" le type de la photo et va appliqué un couple Ouverture / Vitesse pré-définie pour ce type.
Les différents types de mesure :
Matricielle - le boitier fait la comparaison avec la photo "complète". Honnêtement les progrès de la mesure matricielle font qu'il est rare de louper une photo avec ce mode... MAIS la cellule peut se faire avoir dans certains cas où la lumière est relativement compliqué (fort contraste, différentes sources de lumière artificielle + naturelle, etc...)
Pondéré centrale - Même chose que la matricielle, mais le boitier va prendre en compte prioritairement une zone centrale + moyenne de ce qu'il y a autour (un "cercle" plus ou moins gros suivant la cellule et les constructeurs). En gros, il y aura une préférence pour ce qui se trouve au centre.
Spot - là le boitier va faire sa mesure sur un point qui représente 2% (en gros) de l'image totale.... ce qui la rend très "compliqué" à utiliser, mais aussi très très précise, évidemment, il faut l'utiliser à bon escient, il est facile de se faire piéger ^^
Maintenant comme le dit Bertrand, il y a l'histoire des 18%. En gros, si tu cible une surface trop blanche en mesure Spot, tu va avoir des blancs qui vont se transformer en gris.... Donc le blanc de l'oeil c'est plutôt moyen en Spot

(ce que j'ai eu le plus de mal à comprendre pour ma part, c'est que dans un cas comme ça, il fallait sur exposé... ^^).
Pour pouvoir gérer ça plus facilement, il te suffit d'utiliser le bouton AE/Lock (ou fonction équivalente) du boitier. Cela te permettra de faire ta mesure de lumière indépendamment de ton Focus (pour ça je te renvois à la doc de ton boitier où à un utilisateur de D90).
En partant de ton exemple de portrait : tu pointe la mesure spot sur la partie du visage que tu veux mettre en valeur (ou sur autre chose suivant l'effet recherché), tu "lock" ta mesure, puis tu fais ton focus sur l'oeil, tu recadre et tu shoot. C'est vrai que ça peut paraitre compliqué comme ça, mais c'est super pratique je trouve.
Sinon, tu passe en manuel... mais bon... là faut des connaissances et de l'expérience. Bref tout ce qui me manque
En espérant t'avoir éclairé (sans mauvais jeu de mot ^^).