Saint_112 l'a déjà très bien expliqué.
En complément, je prends comme exemple le format propriétaire NEF (et il a autant de formats NEF que de boitiers Nikon) traité par LR par exemple.
Ce fichier NEF comporte en gros 4 éléments: (1) la prise de vue en format brut; (2) une image en JPEG plus ou moins compressé afin de pouvoir visualiser la prise de vue sans traitement; (3) les données EXIFS reprenant toutes données de prise de vue, et (4) l'enregistrement des paramètres, propriétaires Nikon, de réglages faits au niveau du boitier: balance de blancs; réglages du style Vivid, Neutre, Landscape; corrections distorsion / aberrations chromatiques objectifs; parametres de réduction de bruit etc.
Tout bon logiciel de traitement, NE VA PLUS TOUCHER / MODIFIER ce fichier; tous les post traitements de l'image vont soit être enregistrés dans le fichier du catalogue du logiciel de traitement tel que LR, soit être enregistrés dans un fichier d'extension, aussi appelé XMP, ou Side-car, ceci est un peu un fichier "poisson pilote" qui accompagnera le fichier de base et qui peut être utile quand vous trimballez votre fichier et ses modifications d'un logiciel à l'autre (p.ex. LR vers PS et retour). Les anciens logiciels Nikon avaient la mauvaise habitude de écrire directement dans le fichier NEF et de modifier ainsi les réglages de base; avec NXD cette mauvaise habitude semble terminée, et tout changement est enregistré dans un fichier XMP / Side-car.
En post-traitement LR va prendre le fichier d'image brut inclus dans le fichier NEF; va reprendre certaines données EXIF du meme fichier et va ensuite les traiter à sa sauce comme la balance de blancs; LR va puiser dans sa base de données l'objectif avec laquelle la photo à été prise et va traiter toutes les distorsions et aberrations chromatiques, et beaucoup de chose encore (horizonalité, perspective,...); va générer sa propre imagette JPEG pour visualiser la prise de vue; etc etc...
Après ça, c'est toute une question de méthode de travail et de philosophie de ce qu'on garde ou ce qu'on jette: la mienne est de toujours garder (1) le fichier de base / historique; la raison est qu'on puisse avoir envie de retraiter une image avec un nouveau / meilleur logiciel; (2) les images "finales", je veux les garder quelque part aussi de façon "figée" et de ne pas à avoir subir le risque de de devoir les recomposer à chaque fois au moyen d'un logiciel (LR, ou autre); ces dernières sont exportées au format du style TIFF / DNG / PSD / JPEG.
En résumé pour chaque prise de vue j'ai: (1) le fichier RAW originel et non modifié (*); (2a) le fichier XMP ou (2b) les parametres de traitements inclus dans mon catalogue du logiciel de traitement et (3) le fichier de sortie pour certaines images dont je veux figer un traitement spécifique (5 à 10 % des prises de vues). Avec cette méthode j'occupe à peu près 60MB par prise de vue; à 7'000 images retenues par an, ce qui fait qu'il me faut 0.4 Tb par année pour archiver.
(*) à l'importation, une deuxième copie du fichier RAW est automatiquement enregistrée dans un fichier et disque séparé qui sert d'archive au cas ou.
Et pour les amateurs, les explications officielles de Nikon concernant les fichiers NEF
https://nikoneurope-fr.custhelp.com/app/answers/detail/a_id/2272