Fred : voici ma façon de procéder, juste à titre d'exemple
Pour chaque nouvelle série, je crée un nouveau répertoire dans lequel je transferts tous les NEF.
Ensuite je crée un sous-répertoire pour y classer celles que je souhaite conserver en format NEF.
Je transferts ces photos du répertoire principal vers le premier sous-répertoire.
Lorsque mes traitements sont terminés, je crée encore un nouveau sous-répertoire nommé Jpeg dans lequel j'exporte les versions jpeg des NEF traités dans le sous-répertoire supérieur.
Ainsi pas de doublons de NEF, et une arborescence cohérente.
Au final je visualise à nouveau les NEF non sélectionnés et je décide s'ils valent le coup d'être conservés ou non.