De mon point de vue, l'une des caractéristiques d'aperture, c'est qu'
il ne touche jamais à l'intégrité du fichier source, en aucun cas.
D'ailleurs "photo modifiée" ça n'existe pas tant que tu n'as pas fait une épreuve finale (export). Aussi longtemps que tu es dans aperture ta photo source est strictement identique, les ajustements que tu fais ne sont jamais stockés dans la photo mais dans la base aperture pour être appliqués à "l'ouverture" de la photo (quand tu cliques dessus).
Dupliquer le fichier source est donc parfaitement inutile, car il ne sera jamais altéré par aperture.
Ensuite, c'est pure question perso, mais moi, je veux savoir où sont physiquement mes photos, parceque je ne veut pas dépendre d'un soft pour trouver le fichier que je cherche. Par ailleurs, les bases de données, quel que soit leur objet, sont d'autant moins stables qu'elles sont grosses.
Donc je ne stocke pas les photos dans la base Aperture, mais à l'extérieur, en mode "référencé".
Ton workflow est donc facilement simplifiable...
Tu importes ta bibliothèque IPhoto dans Aperture, tes photos seront dans la base Aperture. Si ça te va, reste comme ça.
Si tu veux allèger le fontcionnement d'aperture, tu passes en référencé. Pour ça, tu fais
dans aperture "déplacer les originaux". Ils vont être copiés là où tu veux, par exemple dans le dossier "images" (le plus logique). A cette occasion, tu peux les renomer (si tu veux). Si tu veux une arborescence hiérachique, tu peux partir d'un filtre puis déplacer les originaux du résultat du filtre dans un même dossier (par exemple, classement pas année/mois tu filtre année/mois et déplace le résultat dans le dossier voulu).
De ce fait, tu auras toutes tes photos au même endroit (le dossier images dans l'exemple) et tous des ajustement et aperçus dans la base aperture.
Tu n'as plus qu'à sauvegarder* tout ça via time machine sur ton DD externe... épisétou
*pour discuter "stratégie de sauvegarde" c'est un autre sujet 
