Après avoir fusionné les calques visibles, tu peux modifier les calques en-dessous mais évidemment cela n'appraîtra pas tout de suite : il faut effacer le calque fusionné et le recréer après chaque manip (mais cela ne se fait pas tous les jours...

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En ce qui concerne les calques vides, évidemment on ne peut appliquer de filtre dessus parcequ'il n'y a pas de matière dedans. Par contre, on peut y faire travailler des outils (avec l'option échantillonner tous les calques activée) ce qui permet par exemple de faire un calque "correcteur" un autre "correcteur de tons directs", un autre "tampon", etc... et les modifier ultérieurement séparément.
Par ailleurs, l'accentuation (ou les accentuations) devraient théoriquement être réalisée(s) en fin de traitement afin de ne pas perturber les modif de ton ou de couleur déjà faites. Donc faire un dernier calque par fusion et noter par exemple dans le nom du calque les réglages du filtre accentuation me semble une façon simple de procéder.
Mais je n'ai que CS2 et je ne connais donc pas les calques dynamiques
Au fait, mais tu le sais sans doute :
- mettre ton calque d'accentuation en mode de fusion luminosité
- régler l'opacité à 66% ce qui te permet d'affiner l'accentuation (entre 0 et 100%) sans changer les paramètres
- protéger les tons clairs et foncés par les curseurs "comparaison sur" du style de calque
- créer un masque de contour
- etc, etc...
Désolé si cela est évident pout toi, mais j'essaye d'aider avec mes petits moyens...